Bioinformatik inom genomik

Kursen är en biologikurs på avancerad nivå som ingår i masterprogrammet i Bioinformatik. Kursen ges även som fristående kurs som kan ingå i t.ex. masterexamen i biologi, molekylärbiologi eller marinbiologi.

För tillträde till kursen krävs godkända kurser om minst 120 hp (eller motsvarande) inom något av följande områden: naturvetenskap (inklusive matematik), medicin och farmaci.

Dessutom krävs engelskakunskaper motsvarande nivå Engelska 6/Engelska Kurs B från Svenska Gymnasieskolan, eller certifiering via ett internationellt erkänt prov, till exempel TOEFL eller IELTS eller motsvarande.

Syftet med kursen är att ge en introduktion till genomik och genetisk variation med fokus på att tillämpa bioinformatiska metoder för att analysera och jämföra genomikdata med bakteriella genom som huvudsakliga exempel. Kursen kommer att täcka olika sekvenseringsmetoder, principerna bakom kvalitetskontroll av sekvenseringsdata, *de novo *assemblering och genprediktion och annotering. Vi kommer också att introducera verktyg för jämförande genomik. Tyngdpunkten kommer att vara på praktiska moment inom bioinformatik och programmering samt hur de vetenskapliga frågeställningarna vägleder i val av metoder.

Då många bioinformatiska verktyg körs i en command line-miljö innehåller kursen en introduktion till unix/bash-programmering samt grundläggande Python-programmering med tillämpningar inom sekvensbioinformatik. Under kursen kommer vi diskutera god programmeringspraxis, delning av data och hur kvalitén på databaser kan påverka ens resultat. Kursen är användbar för de som vill lära sig att tillämpa bioinformatiska metoder för jämförande sekvensanalys med målet att förstå evolution och funktion hos genom-, gen- och proteinsekvenser.

Kursen är uppdelad i delkurser;

Delkurs 1; Grundläggande Command Line-programmering för Bioinformatik, 4 högskolepoäng.

Delkurs 2; Introduktion till Python för bioinformatiker, 4 högskolepoäng.

Delkurs 3; Bioinformatik inom genomik: avslutande projekt, 7 högskolepoäng.

Efter genomgången kurs kommer studenten att kunna:

Kunskap och förståelse

• Redogöra för grundläggande kunskaper om genom och genomvariation.
• Redogöra för hur olika DNA-sekvenseringsmetodiker fungerar.
• Redogöra för principerna bakom de novo assemblering, alignment och annotering.
• Beskriva arbetsflöden för analys av next generation-sekvenseringsdata.
• Namnge bioinformatiska verktyg för analys av genomdata.

Färdigheter och förmåga

• Hitta och ladda ner data för genomanalys från publika databaser.
• Hitta information om bioinformatiska verktyg och hur man laddar ner, installerar och använder dem.
• Tillämpa vanliga verktyg för kvalitetskontroll, de novo assemblering och annotering av NGS data.
• Tillämpa vanliga verktyg för jämförande genomik
• Använda bioinformatiska programvaror och navigera i en command line-miljö.
• Använda och skriva grundläggande Pythonkod inom bioinformatiska tillämpningar.
• Utföra grundläggande felsökning och förbättring av kod.

Värderingsförmåga och förhållningssätt

• Kritiskt granska och utvärdera resultaten från olika bioinformatiska analyser.
• Tillämpa principer för god programmeringspraxis och reproducerbar analys.
• Göra biologiska tolkningar från genomikdata.
• Förstå syftet med olika metoder och kunna välja lämpliga metoder för sina egna vetenskapliga tillämpningar.

Delkurs 1; Delkursen är uppdelad i föreläsningar, praktisk dataanalys och programmeringsövningar, både i grupp och enskilt.

Obligatoriska moment i delkursen är de praktiska momenten som specificeras i kursens schema.

Delkurs 2; Delkursen är uppdelad i föreläsningar, praktisk dataanalys och programmeringsövningar, både i grupp och enskilt.

Obligatoriska moment i delkursen är de praktiska momenten som specificeras i kursens schema.

Delkurs 3; Delkursen avslutas av ett praktiskt projekt som ska presenteras muntligt och skriftligt. Projektet kan genomföras enskilt eller i par medan presentation och skriftlig inlämning ska ske individuellt.

Obligatoriska moment i delkursen är den avslutande presentationen samt den skriftliga inlämningen.

Delkurs 1; Läromålen kommer att examineras genom praktiska moment.

Delkurs 2; Läromålen kommer att examineras genom praktiska moment.

Delkurs 3; Läromålen kommer att examineras genom ett avslutande projekt som ska presenteras muntligt och skriftligt. Under projektet förväntas studenten analysera sin egen och/eller publika sekvenseringsdata och presentera resultaten både muntligt och skriftligt.

Om en student som har underkänts två gånger på samma examinerande moment önskar byta examinator inför nästa examinationstillfälle ska en sådan begäran bifallas om det inte finns särskilda skäl däremot (6 kap. 22 § HF).

Om en student har fått besked om pedagogiskt stöd från Göteborgs universitet med rekommendation om anpassad examination och/eller anpassad examinationsform kan examinator, i det fall det är förenligt med kursens lärandemål och förutsatt att inte orimliga resurser krävs, besluta att bevilja studenten anpassad examination och/eller anpassad examinationsform.

Om en kurs har avvecklats eller genomgått en större förändring ska studenten erbjudas minst två examinationstillfällen, utöver ordinarie examinationstillfälle. Dessa tillfällen fördelas under en tid av minst ett år, dock som längst två år efter det att kursen avvecklats/förändrats. Vad gäller praktik och verksamhetsförlagd utbildning (VFU) gäller motsvarande, men med begränsning till endast ett ytterligare examinationstillfälle.

Om en student har fått besked om att denne uppfyller kraven för att vara student vid Riksidrottsuniversitetet (RIU-student) har examinator rätt att besluta om anpassning vid examination, om detta görs i enlighet med Lokala regler gällande RIU-studenter vid Göteborgs universitet.

Delkurs 1; Grundläggande Command Line-programmering för Bioinformatik: 4 högskolepoäng (Endast G eller U).

Delkurs 2; Introduktion till Python för bioinformatik: 4 högskolepoäng (Endast G eller U).

Delkurs 3; Bioinformatik inom genomik: avslutande projekt: 7 högskolepoäng (VG, G eller U).

Slutbetyg; Betygsskalan för kursen omfattar: Väl Godkänd (VG), Godkänd (G) och Underkänd (U).

För godkänd kurs krävs godkända praktiska moment på delkurs 1 och 2 och godkänd skriftlig och muntlig presentation av det avslutande projektet. Väl godkänt (VG) kommer endast att baseras på det avslutande projektet.

Resultatet och eventuella förändringar i kursens upplägg ska förmedlas både till de studenter som genomförde värderingen och till de studenter som ska påbörja kursen.